Tỷ lệ trả thưởng của giải thưởng xổ số Mega 6/45 là khá cao với tổng giá trị trả thưởng là 55% trong đó tỷ lệ trả thưởng của giải đặc biệt (Jackpot) là 41,31%, giải nhất 2,87%, giải nhì 4,09% và giải ba là 6,73%.
Trong trường hợp vé của người trúng thưởng trúng nhiều hạng giải thưởng thì người trúng thưởng chỉ được lĩnh một hạng giải thưởng cao nhất.
Trong trường hợp có nhiều người trúng thưởng giải Đặc biệt thì giải Đặc biệt được chia đều theo tỷ lệ giá trị tham gia dự thưởng của người trúng thưởng.
Giá trị lĩnh thưởng của các giải thưởng từ Giải Nhất đến Giải Ba được tính theo số lần tham gia dự thưởng của số trúng thưởng (01 lần tham gia dự thưởng mệnh giá 10.000 đồng) nhân với giá trị giải thưởng tương ứng với 01 lần tham gia dự thưởng.